More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2936 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
292 aa  568  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  69.31 
 
 
300 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  58.84 
 
 
299 aa  347  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 
294 aa  345  4e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  57.29 
 
 
304 aa  342  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  58.84 
 
 
308 aa  342  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  59.73 
 
 
313 aa  328  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  51.88 
 
 
293 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  51.39 
 
 
296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
293 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 
295 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 
298 aa  235  5.0000000000000005e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
302 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 
293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
295 aa  218  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
302 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
298 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
296 aa  216  5e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.25 
 
 
300 aa  214  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.54 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.18 
 
 
305 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
298 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 
296 aa  210  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
295 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
302 aa  208  8e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
304 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 
300 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
292 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
302 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
300 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.58 
 
 
293 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
318 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
299 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
306 aa  205  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 
304 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
300 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
321 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
292 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
305 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
296 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.81 
 
 
302 aa  202  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
295 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
298 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
303 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 
300 aa  201  8e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 
303 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
299 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
342 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
313 aa  198  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
313 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
294 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
308 aa  198  9e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  38.93 
 
 
307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
310 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
335 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
298 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
300 aa  195  7e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 
301 aa  195  7e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  38.31 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 
299 aa  195  9e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
319 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 
299 aa  195  9e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
313 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 
304 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
304 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 
308 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
297 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0677  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
298 aa  194  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
338 aa  193  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
300 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
305 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
301 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
298 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
299 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
301 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
296 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
322 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
305 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 
304 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
316 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
301 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 
300 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
303 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 
305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.33 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.99 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>