More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1852 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
300 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  73.17 
 
 
300 aa  467  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  73.61 
 
 
300 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 
302 aa  437  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  68.17 
 
 
295 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  67.82 
 
 
296 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  64.98 
 
 
300 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 
293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 
297 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 
297 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
303 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.79 
 
 
309 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
295 aa  208  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 
304 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
292 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
308 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
307 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
302 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
298 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 
300 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
310 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 
304 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 
296 aa  203  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
303 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
302 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
304 aa  201  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
313 aa  200  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
302 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.04 
 
 
302 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.39 
 
 
307 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.03 
 
 
299 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 
307 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
294 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
304 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
301 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 
296 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 
307 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
309 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
308 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
305 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
298 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
324 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
303 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.67 
 
 
305 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
334 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.43 
 
 
302 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
307 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.18 
 
 
293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
292 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
334 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
298 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
334 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
292 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
301 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
299 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
334 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
299 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
334 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
308 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
325 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
294 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
307 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
298 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
334 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
310 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
305 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
305 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
309 aa  186  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
305 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
307 aa  185  7e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
310 aa  185  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
305 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  35.57 
 
 
295 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>