More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4560 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 302 aa  404  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  61.07 
 
 		 300 aa  371  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 305 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.87 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.54 
 
 		 304 aa  211  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 313 aa  202  6e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 302 aa  201  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.84 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 297 aa  198  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 328 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 335 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.72 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 322 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 314 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.26 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 344 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  35.55 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.47 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 323 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.78 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 293 aa  188  8e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 323 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>