More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2711 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
292 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  97.6 
 
 
292 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  83.56 
 
 
299 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  54.48 
 
 
302 aa  328  8e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 
293 aa  238  9e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 
297 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 
297 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
302 aa  224  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
307 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 
304 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
308 aa  216  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
301 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
308 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
301 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
305 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
301 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
305 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
305 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 
300 aa  208  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.64 
 
 
307 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 
293 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.04 
 
 
309 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.3 
 
 
302 aa  206  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
296 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
308 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
301 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
301 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.54 
 
 
300 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
292 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
293 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
299 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 
296 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
299 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 
300 aa  202  6e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
305 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
296 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
399 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
310 aa  199  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
298 aa  199  7e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 
306 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
292 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
304 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
302 aa  195  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 
292 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
302 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
292 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
302 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 
295 aa  192  7e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
313 aa  191  8e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
299 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
308 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
298 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
305 aa  190  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
300 aa  189  4e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  36.52 
 
 
300 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
293 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
362 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.62 
 
 
300 aa  189  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
293 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
297 aa  189  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
297 aa  188  8e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
302 aa  188  8e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
296 aa  188  9e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 
294 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
298 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 
309 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
293 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
302 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
303 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 
309 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
305 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 
301 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  35.96 
 
 
309 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
291 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
296 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
317 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 
299 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
320 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.104445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>