More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1408 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  610  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6112  transcriptional regulator  74.03 
 
 		 307 aa  461  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  75.58 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0822  LysR family transcriptional regulator  74.26 
 
 		 304 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1087  LysR family transcriptional regulator  71.62 
 
 		 316 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1714  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 306 aa  431  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0873  transcriptional regulator, LysR family  67.99 
 
 		 306 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0765  transcriptional regulator, LysR family  67.66 
 
 		 306 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.745241  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 307 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2284  transcriptional regulator, LysR family  68.32 
 
 		 305 aa  397  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1710  transcriptional regulator, LysR family  65.9 
 
 		 305 aa  382  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 293 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.75 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 318 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.65 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 295 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.63 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 333 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 328 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 555 aa  165  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>