More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3456 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  689    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  99.38 
 
 		 324 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 330 aa  614  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  93.21 
 
 		 324 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  93.21 
 
 		 324 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  93.52 
 
 		 324 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  44.15 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.92 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.92 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 295 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 310 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0329  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21371  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0122  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551218  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2330  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2829  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.230533  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2307  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2256  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0123  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 322 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  189  8e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0139  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.15 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3568  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 307 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.318176  normal  0.117537 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 309 aa  185  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  36.68 
 
 		 302 aa  182  9.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  34.8 
 
 		 292 aa  182  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  36.18 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 288 aa  181  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.56 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 335 aa  180  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 292 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 367 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 367 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 353 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>