More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3767 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  637    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 317 aa  318  7.999999999999999e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 312 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 312 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  45.78 
 
 		 312 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 312 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1327  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 311 aa  313  2.9999999999999996e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.893209 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0050  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 311 aa  308  6.999999999999999e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.142799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2579  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 311 aa  305  6e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.49 
 
 		 309 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3581  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.16 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0465  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 306 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  196  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 301 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.76 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.58 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 289 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  192  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.27 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.46 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.22 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.9 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.12 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  32.99 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.89 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.24 
 
 		 290 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 324 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 340 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  35.69 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>