More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0806 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  620  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3299  transcriptional regulator, LysR family  70.23 
 
 		 307 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.244335  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0307  LysR family transcriptional regulator  59.11 
 
 		 322 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 303 aa  294  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  42.81 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40.41 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 291 aa  202  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 291 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 335 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 328 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  40.27 
 
 		 337 aa  185  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  40.27 
 
 		 337 aa  185  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  38.14 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.72 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 351 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 349 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 349 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 349 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 349 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  39.54 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  39.24 
 
 		 289 aa  178  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.81 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.86 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 309 aa  176  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 334 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>