More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3605 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  84.64 
 
 		 306 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  90.49 
 
 		 306 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 309 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  63.06 
 
 		 335 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  50.66 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 315 aa  255  6e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.78 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  37.21 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 362 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 312 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3513  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 555 aa  179  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 320 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.99 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4284  LysR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 320 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4011  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.89 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>