More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4011 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4011  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  596  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.86 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2966  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.23829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  198  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 327 aa  195  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 327 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 318 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 317 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 362 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 328 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 312 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.28 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  35.07 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 313 aa  179  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.8 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 312 aa  176  6e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.86 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 312 aa  175  8e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>