More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2310 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2310  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 306 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3605  LysR family transcriptional regulator  90.49 
 
 		 306 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  62.74 
 
 		 335 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  50.99 
 
 		 310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 315 aa  258  6e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 328 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.54 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 555 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 342 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  36.12 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  40.66 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 320 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.19 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.79 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  34.24 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 362 aa  172  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3513  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>