More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0835 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 		 297 aa  613  9.999999999999999e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 312 aa  429  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  66.44 
 
 		 309 aa  428  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  66.44 
 
 		 309 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.84 
 
 		 308 aa  262  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 291 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 308 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 331 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 316 aa  227  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 326 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 313 aa  168  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  32.29 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  28.57 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  27.89 
 
 		 313 aa  165  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 335 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  29.05 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 313 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  29.35 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 324 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 324 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.1 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 340 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  31.54 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.41 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  29.59 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>