More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0600 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  621  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 		 314 aa  317  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4031  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  308  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1688  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1286  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.451679  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0492  transcriptional regulator, LysR family  45.97 
 
 		 300 aa  275  7e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.64 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 294 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.12 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2307  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0122  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551218  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0329  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21371  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2256  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2829  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.230533  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2330  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 345 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0123  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  34.64 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0139  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.01 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.53 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  35.02 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 359 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 359 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 367 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 327 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>