More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3407 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  636    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 317 aa  472  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 310 aa  471  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 309 aa  472  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 317 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  70.26 
 
 		 317 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  70.59 
 
 		 314 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 314 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 314 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 314 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0498  transcriptional regulator, LysR family protein  66.34 
 
 		 312 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.883152  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4520  LysR family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 309 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.152397 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  63.84 
 
 		 313 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  38.87 
 
 		 306 aa  202  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 353 aa  188  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.86 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 355 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 322 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  31.77 
 
 		 312 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10730  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.28 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 367 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 367 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 351 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 349 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 349 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 312 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 349 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.38 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.03 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 349 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.42 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.66 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 399 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 335 aa  175  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  175  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>