More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0995 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0995  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  46.33 
 
 		 318 aa  302  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 311 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  37.58 
 
 		 330 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  178  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  31.86 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.29 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.7 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 342 aa  155  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 327 aa  155  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.39 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 304 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  31.96 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 304 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 334 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 334 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>