More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3955 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  645    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  47.25 
 
 		 318 aa  310  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0995  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 330 aa  254  9e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 296 aa  195  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 307 aa  192  9e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 335 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 355 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 353 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  32.76 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 344 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  31.6 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 324 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 289 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 313 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.99 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 324 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 312 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  33 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 555 aa  169  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.62 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  30.93 
 
 		 289 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>