More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2283 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  84.54 
 
 		 306 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 309 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 306 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  66.33 
 
 		 310 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  65.1 
 
 		 308 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  65.99 
 
 		 310 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  62.29 
 
 		 303 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 323 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  60.73 
 
 		 303 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  60.6 
 
 		 303 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 303 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 303 aa  368  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 303 aa  363  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  61.46 
 
 		 317 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  46.2 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 337 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 317 aa  237  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 289 aa  205  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 327 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  39.3 
 
 		 289 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 296 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.12 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 324 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 362 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.13 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 307 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 324 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.6 
 
 		 290 aa  185  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 344 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  36.68 
 
 		 435 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.4 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>