More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1317 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  51.1 
 
 		 318 aa  352  4e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  44.77 
 
 		 330 aa  278  7e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0995  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  35.71 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.56 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 297 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 342 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.33 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  179  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 307 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.14 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.1 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 320 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.67 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  31.96 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0577  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  172  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 324 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>