More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0231 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  611  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  53.08 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 294 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 297 aa  310  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 294 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 294 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 305 aa  309  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 299 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 294 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  52.05 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 308 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 323 aa  302  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.64 
 
 		 298 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  52.36 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  48.63 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 298 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 296 aa  291  8e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 294 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 294 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 294 aa  278  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  277  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 297 aa  271  9e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 307 aa  269  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 314 aa  265  5.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 300 aa  248  6e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.97 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.58 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 335 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 316 aa  192  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 328 aa  193  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.05 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 318 aa  189  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.01 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  38.18 
 
 		 349 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 349 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  34.58 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  181  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.31 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4891  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.04 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>