More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0401 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  598  1e-170  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  60.2 
 
 		 309 aa  355  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 294 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 294 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  60.62 
 
 		 299 aa  345  4e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  59.25 
 
 		 297 aa  345  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 297 aa  345  5e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  57.53 
 
 		 298 aa  343  1e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 305 aa  342  4e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 297 aa  342  5e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  58.22 
 
 		 298 aa  342  5.999999999999999e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 294 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  58.22 
 
 		 294 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 294 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 294 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 294 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 294 aa  335  5e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 294 aa  335  5e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 294 aa  333  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 294 aa  330  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 298 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 299 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 313 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 299 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 308 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 308 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 307 aa  299  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50 
 
 		 298 aa  298  6e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 296 aa  295  6e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 304 aa  291  8e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 297 aa  275  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 294 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 297 aa  272  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 296 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 294 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 296 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  48.65 
 
 		 314 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 294 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 334 aa  178  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.6 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.74 
 
 		 289 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 330 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 293 aa  172  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  31.16 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.03 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>