More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3033 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  613  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  85.03 
 
 		 309 aa  513  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  82.09 
 
 		 298 aa  501  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  80.95 
 
 		 298 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  79.31 
 
 		 297 aa  475  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  72.11 
 
 		 299 aa  425  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  67.12 
 
 		 297 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  66.78 
 
 		 297 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  65.53 
 
 		 294 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  67.7 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  64.85 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  67.7 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 294 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  65.4 
 
 		 294 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 294 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  63.29 
 
 		 307 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 298 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 299 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.97 
 
 		 298 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  58.6 
 
 		 299 aa  343  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  58.22 
 
 		 299 aa  342  4e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  58.68 
 
 		 308 aa  338  5e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  53.24 
 
 		 304 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 323 aa  328  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 297 aa  311  6.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 296 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 300 aa  309  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  51.7 
 
 		 308 aa  309  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 294 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 294 aa  308  9e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 297 aa  306  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 294 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 296 aa  298  1e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 314 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 300 aa  284  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 305 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 301 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 323 aa  198  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.78 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 310 aa  195  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  195  9e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.25 
 
 		 297 aa  193  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 309 aa  189  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 316 aa  188  8e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 334 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.8 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 344 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 334 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>