More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5440 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  572  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6695  transcriptional regulator, LysR family  54.17 
 
 		 295 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2784  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.551315 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5829  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 298 aa  258  9e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0302326  normal  0.18795 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 306 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 306 aa  185  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4543  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110583  normal  0.216629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.72 
 
 		 315 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  35.99 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  35.64 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  41.46 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 320 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.68 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 312 aa  171  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0579  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  171  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  36.77 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1596  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.67 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 555 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>