More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4353 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  614  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  86.51 
 
 		 304 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  80.73 
 
 		 310 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 306 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 340 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  77.56 
 
 		 345 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  78.33 
 
 		 310 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  77.23 
 
 		 304 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 303 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  63.18 
 
 		 309 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  63.51 
 
 		 309 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 298 aa  330  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 300 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 300 aa  318  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  53.58 
 
 		 300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 300 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 300 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 300 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 331 aa  288  9e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 315 aa  196  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 321 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 306 aa  185  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.8 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 324 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6695  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199606  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 340 aa  175  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  31.62 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.02 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  32.39 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 316 aa  172  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 304 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  35.59 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>