More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4543 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4543  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  604  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110583  normal  0.216629 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3728  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 297 aa  398  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3100  transcriptional regulator, LysR family  64.12 
 
 		 302 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.394543  normal  0.218062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3358  transcriptional regulator, LysR family  64.9 
 
 		 302 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0114591 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0885  transcriptional regulator, LysR family  68.99 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0579  LysR family transcriptional regulator  60.86 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2691  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 298 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.993609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1015  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 311 aa  339  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.688296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3449  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 298 aa  339  4e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0994  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 292 aa  332  6e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1156  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 300 aa  331  8e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.234191  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3011  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 297 aa  329  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1429  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 303 aa  328  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  59.11 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0343  LysR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 301 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  54.45 
 
 		 303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0323  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1103  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130627  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0255  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 335 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1773  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 335 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790633  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1685  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 335 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.256836  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1270  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.436877  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0101  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2167  transcriptional regulator, LysR family  54.58 
 
 		 297 aa  316  4e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1052  transcriptional regulator, LysR family  54.49 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2231  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 302 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 303 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.18 
 
 		 305 aa  288  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  49.49 
 
 		 295 aa  288  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 300 aa  282  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 299 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 314 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 314 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  47.47 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 316 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  266  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  48.79 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 334 aa  265  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 334 aa  265  7e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0832  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 301 aa  263  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 334 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3321  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0615  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 300 aa  260  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 327 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 324 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 324 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  47.75 
 
 		 297 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 324 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 301 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 299 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 303 aa  254  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 299 aa  254  9e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0647  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 338 aa  247  1e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 303 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  44.9 
 
 		 306 aa  245  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 301 aa  245  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 308 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  43.54 
 
 		 435 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 415 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 428 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 335 aa  239  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 309 aa  238  9e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 304 aa  237  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>