More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1729 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  100 
 
 		 306 aa  620  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  81.37 
 
 		 308 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  81.27 
 
 		 308 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0158  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 305 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  61.13 
 
 		 305 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0225  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 318 aa  350  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 305 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 299 aa  347  2e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 299 aa  344  1e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4062  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 301 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0198165  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0910  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 306 aa  338  8e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4520  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 301 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  0.633071 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0591  transcriptional regulator, LysR family  55.41 
 
 		 297 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 337 aa  335  7e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5692  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 301 aa  334  9e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6056  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 301 aa  334  9e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18637  normal  0.867565 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3356  transcriptional regulator, LysR family  58.19 
 
 		 313 aa  333  2e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6541  LysR family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 301 aa  331  8e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95038  normal  0.402814 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0246  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 307 aa  325  5e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1053  transcriptional regulator, LysR family  54.73 
 
 		 350 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0249  LysR family transcriptional regulator  51.31 
 
 		 307 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3774  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0248  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 305 aa  319  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000146756 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0247  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 305 aa  318  9e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112344 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  52.19 
 
 		 297 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 297 aa  309  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  47.8 
 
 		 300 aa  301  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  47.46 
 
 		 300 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  47.46 
 
 		 300 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  47.12 
 
 		 300 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  47.12 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 314 aa  295  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 303 aa  290  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 316 aa  289  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 299 aa  288  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 299 aa  287  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 334 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 334 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 303 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  45.45 
 
 		 323 aa  277  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 334 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 334 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  45.45 
 
 		 323 aa  277  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 338 aa  276  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  46.53 
 
 		 295 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  47.8 
 
 		 300 aa  276  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 299 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 303 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 299 aa  276  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 323 aa  276  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 323 aa  275  7e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  44.9 
 
 		 315 aa  275  7e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 303 aa  275  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1410  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  normal  0.531112 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3062  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 300 aa  272  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 334 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0812  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  44.19 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0919  transcriptional regulator, LysR family protein  41.69 
 
 		 307 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5815  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 311 aa  261  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.163492 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  42.57 
 
 		 302 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  42.57 
 
 		 302 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  42.91 
 
 		 302 aa  258  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 300 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>