More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3189 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 302 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  70.95 
 
 		 337 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  68.44 
 
 		 305 aa  434  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 303 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 323 aa  279  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 303 aa  277  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 308 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 321 aa  275  7e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 310 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 303 aa  259  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 306 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  47.16 
 
 		 317 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 317 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  43.38 
 
 		 303 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 335 aa  185  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.97 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.24 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.14 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  37.28 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 289 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 314 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 314 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.39 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>