More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0492 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0492  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4031  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 309 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1688  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 309 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1286  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.451679  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  47.49 
 
 		 303 aa  285  7e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 310 aa  275  6e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 314 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.67 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  34.54 
 
 		 318 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  34.01 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  33.33 
 
 		 293 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 335 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 355 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 334 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 309 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.89 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.78 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0368  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 383 aa  159  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  32.57 
 
 		 330 aa  159  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  159  8e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 353 aa  158  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 315 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 334 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0352  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.68 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 337 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>