More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5066 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  634    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1286  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 309 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.451679  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4031  LysR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 309 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1688  LysR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 309 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0492  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 293 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.29 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.1 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 331 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 316 aa  169  6e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 322 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  34.98 
 
 		 310 aa  169  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1111  carbonate dehydratase  35.28 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 353 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1254  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  34.84 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  36.25 
 
 		 310 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 338 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>