More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1254 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1254  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  614  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1111  carbonate dehydratase  98.36 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  53.63 
 
 		 307 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.63 
 
 		 294 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6293  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  0.16811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3476  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286987  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 324 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 313 aa  208  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 309 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 555 aa  185  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.17 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 304 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 333 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  39.58 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.46 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 362 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02668  transcriptional regulator, LysR family protein  40 
 
 		 231 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.687867  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>