More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4031 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4031  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1619  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1688  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1286  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 309 aa  583  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.451679  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0492  transcriptional regulator, LysR family  55.56 
 
 		 300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  50.49 
 
 		 303 aa  311  6.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 310 aa  308  5e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 314 aa  263  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.21 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.08 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 321 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 334 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 334 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.77 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  35.31 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  34.25 
 
 		 349 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 349 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  32.12 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  33.88 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.53 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 303 aa  162  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 428 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 415 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 355 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 435 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 324 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 314 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 314 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  34.1 
 
 		 327 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.67 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>