More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0065 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  624  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  78.88 
 
 		 303 aa  508  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  62.21 
 
 		 303 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  62.54 
 
 		 303 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  57.86 
 
 		 303 aa  387  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 313 aa  381  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 305 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  54.03 
 
 		 304 aa  352  5.9999999999999994e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 304 aa  349  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 303 aa  335  5.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 340 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  53.69 
 
 		 306 aa  333  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  51.34 
 
 		 307 aa  332  4e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 305 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 309 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  50.33 
 
 		 315 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  52.36 
 
 		 304 aa  325  5e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 313 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 321 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 304 aa  319  3e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  48.17 
 
 		 314 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 308 aa  301  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3953  transcriptional regulator, LysR family  51.18 
 
 		 297 aa  298  9e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 298 aa  297  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 302 aa  297  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 334 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1380  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 297 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 		 302 aa  279  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 334 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 297 aa  277  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  44.59 
 
 		 315 aa  276  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 334 aa  275  6e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 314 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 314 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  45.76 
 
 		 297 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 303 aa  268  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1665  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0884032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 303 aa  265  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 324 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.95 
 
 		 305 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 303 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 323 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 323 aa  261  8e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 335 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 338 aa  259  4e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 		 314 aa  258  9e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 324 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  255  6e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 300 aa  252  5.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 299 aa  252  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 299 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 324 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 305 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 327 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 415 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 301 aa  248  8e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  41.69 
 
 		 435 aa  248  8e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 428 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 318 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 299 aa  241  7.999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 298 aa  241  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>