More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2502 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  621  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  75.58 
 
 		 303 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  75.42 
 
 		 303 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  73.09 
 
 		 317 aa  431  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  68.9 
 
 		 310 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  67.89 
 
 		 321 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 306 aa  407  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  65.33 
 
 		 303 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  65.1 
 
 		 306 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 303 aa  393  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  64.33 
 
 		 303 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 306 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  65.23 
 
 		 303 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 309 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 		 323 aa  361  9e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  47.56 
 
 		 305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 302 aa  279  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 302 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 		 317 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 292 aa  209  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 335 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  39.29 
 
 		 288 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  39.16 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.8 
 
 		 290 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 289 aa  202  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 289 aa  201  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 324 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 327 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 300 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 324 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 306 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.47 
 
 		 298 aa  198  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  39.01 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  39.02 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 309 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 428 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.03 
 
 		 289 aa  195  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 415 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 435 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.17 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.3 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  36.46 
 
 		 315 aa  192  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 288 aa  192  6e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.86 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 324 aa  191  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>