More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6638 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 338 aa  692    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  78.53 
 
 		 344 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  73.68 
 
 		 353 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  71.12 
 
 		 331 aa  488  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 359 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 359 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 347 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  61.83 
 
 		 345 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  60.55 
 
 		 345 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  60.12 
 
 		 345 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  59.51 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  59.55 
 
 		 343 aa  382  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 316 aa  193  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 338 aa  192  7e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 324 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 304 aa  189  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 323 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 323 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 298 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 323 aa  184  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  36.97 
 
 		 435 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.56 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 428 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 415 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.76 
 
 		 289 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  182  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 324 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.41 
 
 		 289 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 288 aa  179  9e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  34.93 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.3 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 289 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 288 aa  176  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  37.54 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 303 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>