More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2143 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2143  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  645    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101514 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  61.34 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5623  LysR family transcriptional regulator  60.32 
 
 		 323 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.919335  normal  0.153906 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 324 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 345 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3142  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  156  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 340 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.89 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4579  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.22 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 312 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 345 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  34.22 
 
 		 306 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7340  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.532831  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.48 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  31.48 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 294 aa  146  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47080  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.881505 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  32.82 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 318 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.33 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>