More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2398 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  593  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  99 
 
 		 300 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  92.28 
 
 		 300 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  93.96 
 
 		 300 aa  534  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  93.62 
 
 		 300 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  93.62 
 
 		 300 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 309 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  52.82 
 
 		 309 aa  332  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 298 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  54.76 
 
 		 304 aa  322  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 310 aa  318  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 306 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 340 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 345 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  53.22 
 
 		 304 aa  310  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  51.34 
 
 		 300 aa  290  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 331 aa  272  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  31.62 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 300 aa  182  9.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 344 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  32.31 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  34.03 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 335 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.9 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  35.09 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1665  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0884032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0347  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.102697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 359 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 359 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0327  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.107285  normal  0.389567 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>