More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2676 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  585  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 298 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  59.53 
 
 		 309 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  59.53 
 
 		 309 aa  354  7.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 303 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  53.58 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 300 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 310 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 345 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 310 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 300 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 306 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 340 aa  298  6e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  51.54 
 
 		 304 aa  295  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 331 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  35.05 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  39.5 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 294 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.99 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  37.98 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 321 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.47 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  36.55 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  37.76 
 
 		 309 aa  175  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0247  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112344 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  33.91 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 314 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  34.26 
 
 		 313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 329 aa  172  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  38.29 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>