More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6426 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  617  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  86.51 
 
 		 304 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  76.57 
 
 		 310 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 306 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 340 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 345 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 310 aa  455  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 304 aa  450  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 303 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  59.87 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 300 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  51.36 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 300 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 300 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 300 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 331 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 315 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.64 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 324 aa  169  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.67 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  32.04 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3868  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.909527  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4501  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  33.67 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 328 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 344 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5802  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>