More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0556 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  70.9 
 
 		 305 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  69.23 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  55.18 
 
 		 299 aa  360  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  52.54 
 
 		 328 aa  333  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02849  transcriptional regulator  50.85 
 
 		 301 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.24 
 
 		 293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.87 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.99 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  176  6e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.31 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.21 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  30.8 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  31.47 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.45 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 292 aa  168  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.76 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 341 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  33.7 
 
 		 290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>