More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0183 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  623  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  60.96 
 
 		 328 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02849  transcriptional regulator  60.33 
 
 		 301 aa  350  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 305 aa  325  6e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  49.83 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  48.46 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  43.21 
 
 		 293 aa  267  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  186  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.98 
 
 		 290 aa  186  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 290 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.63 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  32.74 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.63 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 293 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 292 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  34.34 
 
 		 313 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.36 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  31.88 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  33.56 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.54 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.43 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 291 aa  168  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.9 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  32.99 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.07 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>