More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4056 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  624  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  82.94 
 
 		 305 aa  522  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 299 aa  349  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  52.53 
 
 		 328 aa  349  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 301 aa  316  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02849  transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.98 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.03 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 288 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.83 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 335 aa  175  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  175  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  31.49 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.4 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 304 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.81 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.9 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 296 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  32.64 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  31.33 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.44 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 344 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.76 
 
 		 300 aa  162  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  32.2 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>