More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2669 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  100 
 
 		 293 aa  607  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  40.56 
 
 		 328 aa  249  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.98 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02849  transcriptional regulator  40.28 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.1 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.33 
 
 		 289 aa  205  9e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 289 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.81 
 
 		 290 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 289 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.93 
 
 		 288 aa  195  9e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 292 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 292 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.23 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.53 
 
 		 289 aa  188  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  36.11 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 290 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 291 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  33.09 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 288 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.39 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.37 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  35.59 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 304 aa  171  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  171  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 328 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 313 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 321 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>