More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6111 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  99.01 
 
 		 345 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  88.71 
 
 		 310 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 306 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 340 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  87.83 
 
 		 304 aa  529  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  78.33 
 
 		 304 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  74.83 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 303 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 		 309 aa  378  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  53.56 
 
 		 298 aa  348  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 300 aa  331  8e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 300 aa  324  9e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 300 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 300 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  52.72 
 
 		 300 aa  305  7e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 331 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 313 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  36.05 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3351  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  36.05 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  34.01 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 323 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 324 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 303 aa  179  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  179  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  36.79 
 
 		 309 aa  178  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 296 aa  176  7e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7340  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 327 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.532831  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3209  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 334 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>