More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3209 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3209  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  52.72 
 
 		 302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  52.72 
 
 		 302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  52.72 
 
 		 302 aa  335  7.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 300 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 300 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 300 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 300 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0754  LysR substrate-binding  49.33 
 
 		 307 aa  318  7e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  46.13 
 
 		 315 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 334 aa  269  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 334 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 334 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 335 aa  259  3e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 334 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 338 aa  258  9e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  255  8e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 322 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 415 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  41.5 
 
 		 435 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 428 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 324 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 303 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 303 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 342 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 324 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 324 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 318 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 340 aa  235  5.0000000000000005e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 318 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  235  7e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 303 aa  232  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2167  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3326  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.424785 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0994  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3728  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.41 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 308 aa  225  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  40.21 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0885  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 327 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 299 aa  222  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 304 aa  221  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4062  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0198165  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4520  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  0.633071 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>