More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4579 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4579  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2621  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01928  transcriptional regulator, LysR family protein  48.47 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.412862  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1287  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3864  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.650106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7040  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 300 aa  254  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6515  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 300 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1314  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 300 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6105  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.336875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0807  transcriptional regulator, LysR family  52.07 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2143  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 321 aa  152  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101514 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  32.24 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 324 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5623  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.919335  normal  0.153906 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.04 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1802  regulatory protein LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.450792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1801  regulatory protein LysR  31.13 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0384326  normal  0.0215354 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.866328  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  29.67 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1863  regulatory protein LysR  30.79 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1655  regulatory protein LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.066773 
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  31.83 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 305 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.99 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 335 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.54 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.46 
 
 		 298 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 334 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0828  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0212  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.986643  normal  0.756698 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>