More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3864 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3864  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  626  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.650106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2621  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 304 aa  295  5e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01928  transcriptional regulator, LysR family protein  46.78 
 
 		 300 aa  275  7e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.412862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4579  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1287  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 307 aa  262  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7040  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  256  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6105  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.336875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6515  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1314  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0807  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 		 294 aa  235  8e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  29.07 
 
 		 315 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  31.49 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 334 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 345 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 324 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 324 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 324 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 334 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 308 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 344 aa  145  9e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 345 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  29.76 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  29.05 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 335 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 353 aa  142  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 317 aa  142  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 334 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  26.87 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  28.28 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  31.46 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  29.87 
 
 		 290 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 309 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  28.03 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>