More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01928 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01928  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 300 aa  609  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.412862  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2621  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 304 aa  299  3e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4579  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 303 aa  294  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3864  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 304 aa  275  7e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.650106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1287  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7040  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 300 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6105  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 300 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.336875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6515  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1314  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0807  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 317 aa  159  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  35.81 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.52 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.68 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.77 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  29.79 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 337 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 289 aa  142  8e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3361  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.43 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 292 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 324 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0919  transcriptional regulator, LysR family protein  29.57 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 303 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 295 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  30.8 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  33.67 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  30.27 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>