More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3081 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.73 
 
 		 294 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1111  carbonate dehydratase  54.33 
 
 		 305 aa  315  5e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1254  transcriptional regulator, LysR family  53.63 
 
 		 307 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6293  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  0.16811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3476  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 310 aa  225  6e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 297 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.87 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 324 aa  209  7e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 335 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  205  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 327 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 327 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 303 aa  202  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 327 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 318 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  37.06 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 362 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 555 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  39.66 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 289 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>