More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0807 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0807  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  575  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1287  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 307 aa  325  5e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2621  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 304 aa  300  3e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4579  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3864  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 304 aa  275  6e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.650106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01928  transcriptional regulator, LysR family protein  48.29 
 
 		 300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.412862  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6515  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1314  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6105  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.336875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7040  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 300 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5623  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.919335  normal  0.153906 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2143  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 321 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101514 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  32.54 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  30.54 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 331 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  31.51 
 
 		 315 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0591  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2438  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 324 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.473581  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  28.52 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  28.52 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  28.52 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  32.23 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  28.86 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2378  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.550059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>