More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1129 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  618  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
289 aa  223  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  40.48 
 
 
289 aa  222  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  38.91 
 
 
289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
296 aa  219  5e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
292 aa  219  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
289 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  35.91 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.27 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
297 aa  212  5.999999999999999e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.63 
 
 
290 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
306 aa  209  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
289 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
302 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
304 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
304 aa  206  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
297 aa  206  6e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  35.47 
 
 
309 aa  203  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.54 
 
 
293 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 
293 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 
320 aa  201  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  37.72 
 
 
288 aa  201  9e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
305 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
305 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
304 aa  198  7e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
313 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
302 aa  195  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
322 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
302 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
288 aa  194  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
288 aa  193  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
310 aa  192  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
297 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
298 aa  191  9e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.29 
 
 
289 aa  191  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
302 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3854  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
298 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3124  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
298 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
292 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
302 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
292 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.19 
 
 
300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 
344 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 
300 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.02 
 
 
298 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
309 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
305 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
292 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
302 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 
292 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
303 aa  188  8e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 
299 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
301 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
302 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
301 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 
299 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
298 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
295 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
297 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.99 
 
 
289 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
306 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 
297 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1337  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
297 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
302 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
303 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
289 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.72 
 
 
302 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 
300 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
299 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
296 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
293 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 
301 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
302 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
303 aa  186  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
291 aa  186  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
306 aa  186  5e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
305 aa  186  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
304 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
298 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
302 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
297 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 
295 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.65 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.65 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>