More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3893 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  640    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  73.09 
 
 		 308 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  69.74 
 
 		 303 aa  440  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 303 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  71.1 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 321 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  71.1 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 303 aa  378  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 303 aa  374  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  61.59 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 306 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  63.49 
 
 		 303 aa  364  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 309 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  59.21 
 
 		 303 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  60.13 
 
 		 306 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 323 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 337 aa  265  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 302 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 302 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 317 aa  249  3e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 323 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 323 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.06 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  36.33 
 
 		 435 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 415 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 428 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.03 
 
 		 290 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.02 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 324 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 327 aa  185  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.19 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  35.99 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 344 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 290 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 334 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 292 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 320 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 292 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 292 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.77 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.62 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>